1-کارگروه پرورشی
دانش آموزان در دوره دوم در مرحله‌ای از رشد به سر می برند که لازم است در انجام امور فردی خود و امور اجتماعی – فرهنگی مشارکت فعال داشته باشند.
برای دستیابی به این ضرورت ، کارگروه پرورشی فعال در قالب کمیته ای فرهنگی ، ادبی ، اجرایی و پشتیبانی برای انجام برنامه های هفتگی و مناسبت ها تشکیل می گردد. (مانند گروه کتابخانه ، یاوران نماز ، IT ، گروه صبحگاه و ...)
2- بسیج دانش آموزی
یکی از الگوهای سازنده انقلاب که اعتلای نظام مقدس ما مدیون این نهاد مقدس است. و نیز قوام نظام تعلیم و تربیت و پویایی آن به ارزش گذاری و حرکت در این مسیر امکان پذیر است.
برای کلیه دانش آموزان علاقه مند عضویت در بسیج ، صدور کارت عادی و فعال انجام می‌گیرد.
3- شورای دانش آموزی
یکی از برنامه های اساسی در جریان فعالیت های پرورشی ، تشکیل شورای دانش آموزی بر اساس انتخاب و رأی خود دانش آموزان می باشد که در قالب کمیته های تعریف شده سازمانی مانند کمیته ورزشی ، بهداشتی ، فرهنگی ، اجتماعی ، دینی ، علمی و ... تحت نظارت معاون پرورشی به فعالیت می پردازد.
جلسات هفتگی و تصمیمات آنان در جلسات ، موضوع فعالیت های آنان بوده و دبیرستان جعفری اسلامی در همین راستا اقدام می نماید.
4- مدیریاران جوان
دانش آموزان آینده سازان و مدیران آینده جامعه و کشور هستند و آنان در مقطع دبیرستان آمادگی پیدا می کنند که مسئولیت های آینده را تمرین و تجربه نمایند . لذا در راستای این هدف ، دبیرستان جعفری اسلامی سرفصلی را با نام گروه "مدیریاران جوان" معرفی می نماید تا در مقاطعی از سال تحصیلی دانش آموزان فرصت تمرین و مسئولیت های مختلف را در بخش های تصمیم گیری و اجرا در دبیرستان را در اختیار گیرند.